Los ecosistemas costeros se ven afectados por la mejor o peor gestión de los sistemas de agua dulce, igualmente, las decisiones en la zona costera  tienen consecuencias en el agua.

Una interacción más formal debe ser establecida a través de un enfoque basado en el ecosistema, donde los administradores de los ríos y administradores de zonas costeras también están den cuenta de los impactos aguas abajo y aguas arriba respectivamente.

Así, los principios por los cuales se rige el Manejo Integrado del Agua y Áreas Costeras son los siguientes:

1. Identificar  temas comunes en la gestión de cuencas, costas y mares.
2. Priorizar los temas comunes y explicitar los beneficios del manejo y las posibles limitaciones.
3. Identificar las relaciones sistémicas que impactan los temas comunes en cuencas  y costas.
4. Definir el área geográfica de acción y los actores claves en torno a los temas comunes de gestión
5. Asegurar los aspectos políticos e institucionales.
6. Involucrar a todos los actores relevantes desde el inicio de la gestión integrada.
7. Definir los objetivos de manejo puntuales desde una perspectiva de largo plazo.
8. Establecer la base de conocimiento e información como una herramienta del proceso de participación en la gestión integrada.
9. Facilitar la  información en todos los niveles relevantes para crear condiciones óptimas para un enfoque participativo.
10. Crear las condiciones para que la gestión integrada provea soluciones sostenibles en todos los niveles (regional, nacional, local).
11. Promover arreglos institucionales para la gestión integrada de recursos hídricos y costas.
12. Asegurar que existan las capacidades y los recursos necesarios para la implementación de la gestión integrada de agua y costas.